Prologue....
Nous sommes en CE 71, la guerre fait rage entre ZAFT et la Terre.
Plant est diriger par un président du nom de Patrick Zala qui met tout en oeuvre afin de détruire la Terre et faire disparaitre les Naturels. Du coté de la Terre, c'est Azrael Muruta qui dirige et qui met tout en oeuvr, lui aussi, pour détruire Plant. Aucun des deux ne survivra et la paix reviendra.
Situation forum
Nous sommes en CE 73, Lacus Clyne et Kira Yamato sont partit vivre sur les Plants et Lacus devient la Princesse des Coordinateurs. Asran et Cagalli quant à eux vivent sur Orb et gère la nation en accueillant des réfugier de ZAFT et de l'EAF de la précédente guerre. Tout va bien cependant, Orb est confontré peu de temps après à une attaque sans que Cagalli puisse faire quelque chose. Cette attaque est dirigé par un homme du nom de Lelouch lamperouge qui possède une technologie étrange et des MS appeler Knightmare. Cagalli trouve refuge dans les ruine d'un ancien continent d'Orb. Néo-Orb, projette de prendre possession de la Terre entière et des Plant's.
Asran quant à lui, est sur une colonie de Zaft, une colonie dont un projet voit le jour, le projet Saviour offrant ainsi à Asran un Gundam pour retourner auprès de Cagalli.
Comment vont réagir Lacus et Cagalli ainsi que l'empereur de l'EAF ?